一、货物的原因
货物运输清关的时候，一定要清楚哪些货物是国际禁止的，哪些货物是途经的国家被禁止进入的。如对此不加以重视，极易造成清关延误。
（1）禁止入境的货物
事实上，每一个国家都有毒品、弹药、武器等在所有国家都属于违禁物品；有些国家对进口的产品有不同的要求，比如美国禁止中草药、英国禁止乳制品、肉制品、新加坡禁止电子烟等等。
（2）名牌，侵权产品
国际上对于知识产权的保护是非常严格的、当货物运往某个国家时，都要出示商标授权书，如果不能出示，会遇到清关延误、海关扣货或责令退回。
（3）敏感物品
如果货物为液体、粉状、磁带、带电尖锐物等敏感货物，需经过海关严格检查，因此其报关时间较一般货物长。

二、代理或货主的原因
代理或货主在填写报关单据时，所提供的资料、单证填写不完整，如产品名称与申报品名对错等；另一种则为降低收货人所交税金，将货物申报价值报得较低，导致申报价值与实际货值严重不符，极易引起海关注意。

三、海关的原因
（1）海关的例行检查
抽样检验时，对抽样的货物进行抽样检验，一般要等1-3个工作日，如海关认为货物没问题，将予以放行。
（2）税收
如海关认为报关价不符合实际货值，收货人须到海关办理通关手续；申报价值与实际值相符，而海关认为不一样，则须以货物的价值证明来检验，如货物申报价值与实际价值不符，报关员检查低报或高报时，要由报关员去缴纳相应的税款。

四、其他原因
清关延误不仅会受到外部环境的影响，例如自然灾害、海关、港口工人、后勤人员罢工等；还会受到一些国家通关政策的影响，例如，一些国家的通关程序繁琐，通关和效率低下。